Index

A

add() (cyto_ml.data.vectorstore.ChromadbStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.PostgresStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.VectorStore method)

B

base_normalise() (in module cyto_ml.data.image)

boto3_client() (in module cyto_ml.data.s3) bucket_keys() (in module cyto_ml.data.s3)

C

cached_image() (in module cyto_ml.visualisation.app) ChromadbStore (class in cyto_ml.data.vectorstore) classes() (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) client (cyto_ml.data.vectorstore.ChromadbStore attribute) closest() (cyto_ml.data.vectorstore.ChromadbStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.PostgresStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.VectorStore method) closest_grid() (in module cyto_ml.visualisation.app) closest_n() (in module cyto_ml.visualisation.app) collections() (in module cyto_ml.visualisation.app) convert_3_band() (in module cyto_ml.data.image) create_figure() (in module cyto_ml.visualisation.app) cyto_ml module cyto_ml.data module cyto_ml.data.db_config module cyto_ml.data.flowcam module

cyto_ml.data.image module cyto_ml.data.labels module cyto_ml.data.s3 module cyto_ml.data.vectorstore module cyto_ml.models module cyto_ml.models.api module cyto_ml.models.utils module cyto_ml.pipeline module cyto_ml.visualisation module cyto_ml.visualisation.app module cyto_ml.visualisation.config module

D

deserialize() (in module cyto_ml.data.vectorstore)

do_decollage() (cyto_ml.data.flowcam.FlowCamSession method)

E

embeddings() (cyto_ml.data.vectorstore.ChromadbStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.PostgresStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.VectorStore method)

exif_headers() (in module cyto_ml.data.flowcam)

F

flat_embeddings() (in module cyto_ml.models.utils)

FlowCamSession (class in cyto_ml.data.flowcam)

G

get() (cyto_ml.data.vectorstore.ChromadbStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.PostgresStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.VectorStore method)

H

headers_from_filename() (in module cyto_ml.data.flowcam)

I

ids() (cyto_ml.data.vectorstore.ChromadbStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.PostgresStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) (cyto_ml.data.vectorstore.VectorStore method)

image_embeddings() (in module cyto_ml.visualisation.app) image_ids() (in module cyto_ml.visualisation.app) image_index() (in module cyto_ml.data.s3) ImageProcessingError

L

labelled() (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) load_ext() (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) load_image() (in module cyto_ml.data.image)

load_image_from_url() (in module cyto_ml.data.image) load_models() (in module cyto_ml.models.api) load_schema() (cyto_ml.data.vectorstore.SQLiteVecStore method) lst_metadata() (in module cyto_ml.data.flowcam)

M

main() (in module cyto_ml.visualisation.app) module cyto_ml cyto_ml.data cyto_ml.data.db_config cyto_ml.data.flowcam cyto_ml.data.image cyto_ml.data.labels cyto_ml.data.s3 cyto_ml.data.vectorstore cyto_ml.models cyto_ml.models.api cyto_ml.models.utils cyto_ml.pipeline cyto_ml.visualisation cyto_ml.visualisation.app cyto_ml.visualisation.config

N

normalise_flowlr() (in module cyto_ml.data.image)

O

output_dir() (cyto_ml.data.flowcam.FlowCamSession method)

P

parse_filename() (in module cyto_ml.data.flowcam) pick_image() (in module cyto_ml.visualisation.app)

PostgresStore (class in cyto_ml.data.vectorstore) prepare_image() (in module cyto_ml.data.image)

R

random_image() (in module cyto_ml.visualisation.app) read_headers() (in module cyto_ml.data.flowcam) read_metadata() (cyto_ml.data.flowcam.FlowCamSession method) resize_normalise() (in module cyto_ml.data.image)

resnet18() (in module cyto_ml.models.utils) resnet18_3() (in module cyto_ml.models.api) resnet50() (in module cyto_ml.models.api) root() (in module cyto_ml.models.api)

S

serialize_f32() (in module cyto_ml.data.vectorstore) show_random_image() (in module cyto_ml.visualisation.app)

SQLiteVecStore (class in cyto_ml.data.vectorstore) store() (in module cyto_ml.visualisation.app)

V

vector_store() (in module cyto_ml.data.vectorstore)

VectorStore (class in cyto_ml.data.vectorstore)

W

window_slice() (in module cyto_ml.data.flowcam)

write_headers() (in module cyto_ml.data.flowcam)